Selkämeren tilaa pidettiin pitkään hyvänä, mutta nykyään sen tila puhuttaa lisääntyneen rehevöitymisen myötä.
Selkämeren avomerialueella rehevöityminen ilmenee erityisesti sinilevien laajoina massaesiintyminä, joita on viime vuosina havaittu vuosittain. Rannikon läheisillä vesillä sinilevien määrä ei ole tähän asti ollut samaa luokkaa kuin Saaristomerellä ja Suomenlahdella, mutta ilmiö on huolestuttavasti laajentunut ja lisääntynyt 2000-luvulla. Huonontuneen tilan takia on alkanut nousta puheenvuoroja, joiden mukaan Selkämereen valuma-alueineen tulisi kohdistaa enemmän resursseja ja vesiensuojelutoimenpiteitä tulisi tehostaa.